El origen del Museo Argentino de Ciencias Naturales se remonta al año 1812, oportunidad en la que el Primer Triunvirato, por inspiración de Bernardino Rivadavia, invitó a las provincias a reunir materiales para "dar principio al establecimiento en la Capital de un Museo de Historia Natural".Esta iniciativa se concretó en 1823, mediante una resolución firmada por Rivadavia, entonces ministro de Martín Rodríguez.
A lo largo de su larga vida el Museo se alojó sucesivamente en las celdas altas del Convento de Santo Domingo, en la Manzana de las Luces y algunos edificios de la plazoleta Monserrat, hasta instalarse definitivamente en 1937, en el edificio que hoy ocupa, construido de acuerdo a los cánones arquitectónicos vigentes en la época para los museos de ciencias europeos.
Por sus salas y laboratorios pasaron investigadores de la talla de Alcides d’Orbigny Fernando Lahille, L.Kraglievich, Eduardo Ladislao Holmberg, María Isabel Hylton Scott, Alberto Castellanos, Rita Schiappelli, Rosendo Pascual, Enrique Balech y Esteban Boltovskoy; y tuvo por directores a personalidades como Herman Burmeister, Florentino Ameghino, Angel Gallardo, Martín Doello-Jurado, Agustín Riggi, Maximiliano Birabén, José María Gallardo, Wolfgang Volkheimer, Edgardo J. Romero y actualmente el Dr. Pablo L. Tubaro.
Las colecciones del Museo estuvieron integradas en un principio por elementos heterogéneos que luego fueron agrupándose en forma temática y desprendiéndose para dar origen a otros museos de la capital. En 1947 el Poder Ejecutivo dispuso la transferencia de las secciones: Arqueología, Etnografía y Antropología al Museo Etnográfico dependiente de la Universidad de Buenos Aires.
La Circular del 27 de junio cursada por el Primer Triunvirato, por inspiración de Bernardino Rivadavia, invita a los comandantes del interior a participar en el acopio de materiales para "dar principio al establecimiento en la Capital de un Museo de Historia Natural".
En la Gaceta Ministerial del Gobierno de Buenos Aires del día 11 de junio, se publica el decreto por el cual se acepta la donación efectuada por el presbítero Bartolomé Muñoz, de objetos e instrumentos de Historia Natural para "empezar a formar un gabinete".
Bernardino Rivadavia, ministro de Gobierno de Martín Rodríguez, firma una resolución fechada el 31 de diciembre, donde se ordena adoptar las medidas, "...que conduzcan a acelerar el establecimiento del Museo del País, especialmente en todos los ramos de la historia natural."
El 1° de abril se nombra a Carlos Ferraris encargado de los objetos de Historia Natural y se instala el museo naciente en una de las celdas altas del Convento de Santo Domingo.
El 4 de junio Carlos Ferraris eleva al gobierno el primer inventario de existencias y gastos invertidos en instalación y conservación.
En el curso de este año, el viajero y estudioso francés Arsenio Isabelle visita el Museo y deja una descripción del mismo afirmando que en él "se podría dictar un curso completo de historia natural".
El 3 de febrero a pedido de Carlos Ferraris, se le concede una licencia para ausentarse a Europa y es designado para reemplazarlo - también a su propuesta - Antonio Demarchi, quien se mantiene al frente de la dirección hasta la caída de Juan Manuel de Rosas.
El 6 de mayo se designa encargado del Museo a Santiago Torres, y se constituye la Sociedad de Amigos de la Historia Natural del Plata. El Museo es instalado en el edificio de la Universidad de Buenos Aires, situado en la calle Perú en la llamada Manzana de las Luces.
El Secretario de la Asociación Amigos de la Historia Natural del Plata, Manuel Ricardo Trelles, eleva un estado del Museo con inventario de su acervo.
El sabio alemán Herman Burmeister, pasa fugazmente por la ciudad de Buenos Aires, visita en los primeros días de febrero el Museo y asienta su impresión sobre el mismo.
El 21 de febrero el gobernador de Buenos Aires, Bartolomé Mitre, firma un decreto, el cual es refrendado por su Ministro de Gobierno, Domingo Faustino Sarmiento, designando Director General del Museo Público de Buenos Aires a Herman Burmeister. Burmeister inicia la publicación de los "Anales" del Museo.
Por sugerencia de Herman Burmeister se crea la Academia de Ciencias de Córdoba.
Se inicia la publicación de la "Description Physique de la République Argentine" cuya parte final concluirá en 1886.
Ya declarada la Ciudad de Buenos Aires capital de la Nación, por decreto del 1° de octubre se dispone la nacionalización del Museo Público. Se crea entonces el Museo de La Plata sobre la base de las colecciones de Francisco P. Moreno.
El 24 de mayo, la Municipalidad de la ciudad de Buenos Aires crea el Museo Histórico de la Capital, y el Museo Público le transfiere el material respectivo que posee.
Después de regir durante treinta años la institución, el 2 de mayo, por causa de un accidente ocurrido en el curso de sus trabajos en el Museo, fallece Herman Burmeister. El 18 de abril el Poder Ejecutivo Nacional nombra director reemplazante al Dr. Carlos Berg.
Por insistencia de su director es remodelado substancialmente el local de la calle Perú.
Entre el 12 de mayo y el 10 de diciembre, por ausencia temporaria del Dr. Berg, es designado director suplente el señor Angel Gallardo.
El 19 de enero fallece el Dr. Carlos Berg. Por decreto del 19 de abril es designado titular de la dirección el paleontólogo Florentino Ameghino, primer director argentino del Museo.
Durante los festejos del Centenario el Museo permanece cerrado "por reformas".
El 6 de agosto fallece el doctor Florentino Ameghino después de una fructífera gestión científica. El 12 de septiembre es designado para reemplazarlo, el doctor Angel Gallardo, quien se encuentra en París.
A su regreso de París, el doctor Angel Gallardo asume la dirección del Museo el 15 de abril.
Ante los reclamos del doctor Gallardo sobre la estrechez del local de la calle Perú, el gobierno le cede unos edificios fiscales en la plazoleta Monserrat que le permiten redistribuir oficinas y colecciones.
Por haber sido designado Gallardo presidente del Consejo Nacional de Educación, se nombra director interino al Secretario Agustín G. Péndola.
Por resolución ministerial de fecha 11 de agosto, se transfiere la dirección interina al jefe de sección Carlos Ameghino.
Por decreto fechado el 28 de diciembre, firmado por el presidente Marcelo T. de Alvear, refrendado por el ministro Sagarna, se denomina al Museo con el nombre de su fundador: Bernardino Rivadavia, y se dispone festejar el centenario de su creación. Por el mismo decreto, se nombra director titular al profesor Martín Doello-Jurado, quien asume el cargo en el acto que se celebra como rememoración del centenario del Museo el día 31 de diciembre.
El 31 de diciembre, se coloca la piedra fundamental del edificio a construir por la Dirección General de Arquitectura de la Nación, en el Parque Centenario.
Por iniciativa de Doello-Jurado se inaugura la Estación Hidrobiológica de Puerto Quequén, dependiente del Museo.
Se inaugura la primera sección del nuevo edificio.
Concluido el edificio en su estado actual, el Museo abandona definitivamente los viejos locales de la Manzana de las Luces y de la Plaza Monserrat e instala con mayor amplitud y propiedad sus colecciones.
Por renuncia del profesor Martín Doello-Jurado, por decreto fechado el 10 de julio se nombra su reemplazante al doctor en Ciencias Naturales Agustín E. Riggi.
A pedido de la dirección, el Poder Ejecutivo dispone por decreto dictado el 10 de junio, la transferencia de las secciones: Arqueología, Etnográfica y Antropológica a la Universidad de Buenos Aires, con destino al Museo Etnográfico.
Se crea por decreto del 4 de diciembre, anexo al Museo, el Instituto Nacional de Investigación de las Ciencias Naturales.
Sobrevenido el movimiento revolucionario de septiembre, se designa interventor del Museo al doctor Adolfo Dago Holmberg.
Elegidas las autoridades constitucionales, renuncia el doctor Holmberg y asume la dirección interina el Director General de Cultura, ingeniero José Babini, designado por resolución ministerial del 26 de mayo, cesando el 12 de agosto de 1958. En esta misma fecha es designado director, también con carácter interino, el doctor en Ciencias Naturales Mario Egidio Teruggi y cesa en su mandato el 7 de setiembre de 1959.
Por decreto del Poder Ejecutivo del 26 de agosto se nombra director titular al doctor en Ciencias Naturales Max Birabén quien asume el cargo el 7 de septiembre.
Después de doce años de acción efectiva y provechosa, por razones de salud, el 31 de mayo, renuncia el doctor Birabén.
El licenciado en Ciencias Naturales José María A.F. Gallardo, quien había sido designado a cargo de la Dirección el 6 de octubre de 1971 por enfermedad del doctor Birabén, es designado titular por concurso, el 17 de abril.
El Museo deja de depender de la Dirección Nacional de Museos para hacerlo de la Secretaría de Ciencia y Tecnología (SECyT), que en ese momento dependía directamente de la Presidencia de la Nación.
Fallece el Dr. José María A.F. Gallardo el 12 de octubre, estando a cargo de la Dirección del Museo como Investigador Principal del CONICET (Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas). Antes de finalizar el año es designado a cargo de la Dirección el Dr. Wolfgang Volkheimer, Investigador Superior del CONICET, especialista en palinología y paleobotánica.
El Decreto del Poder Ejecutivo de la Nación 1274/96 del 7 de noviembre dispone que el Museo sea transferido desde la Secretaría de Ciencia y Tecnología al CONICET, organismo descentralizado dependiente de dicha Secretaría del Ministerio de Cultura y Educación.
Su Majestad el Emperador Akihito de Japón, visita el Museo.
El CONICET llama a concurso para ocupar el cargo de Director del Museo y el 2 de noviembre el Presidente del CONICET pone en funciones al Dr. Edgardo Juan Romero, Investigador Principal y Profesor de la Universidad de Buenos Aires, que estaba provisoriamente a cargo de la Dirección del Museo desde hacía un año. En julio el Museo comienza ha estar presente en Internet por medio de su sitio Web y gracias al apoyo de la Red Científica y Tecnológica (RedCyT) de la SECyT.
Se instala y pone en funcionamiento una red estructurada de telefonía y datos que abarca todas las instalaciones del Museo permitiendo el acceso a todo el personal a los servicios de correo electrónico propio e Internet, gracias a la colaboración del Centro de Cómputos del CRIBABB (Centro Regional del CONICET en Bahía Blanca), RETINA (Red Teleinformática Académica) y la Fundación Antorchas.
Su Alteza Imperial la Princesa Takamado de Japón, visita el Museo.
Se comienza a trabajar en Proyectos de Responsabilidad Social.
Por Resolución del 2 de septiembre el directorio del Conicet acepta la renuncia presentada por el doctor Edgardo J. Romero y designa al vicedirector Pablo Luis Tubaro, Investigador Principal del Conicet a cargo de la Dirección. Se comienzan a tener presencia en las redes sociales como Facebook.
El 27 de Junio se celebran los 200 años del origen del Museo.